Aralık 2019’un sonlarında, ilk olarak Çin’in Wuhan kentinde yüksek bulaşıcılık gösteren ve pnömoni benzeri semptomlara neden olan yeni bir koronavirüs bildirildi. Bilim insanları daha sonra bu RNA virüsünü şiddetli akut solunum sendromu koronavirüs 2 (SARS-CoV-2) virüsü olarak tanımladılar.
Hızlı mutasyonlar nedeniyle, aralarında Alfa, Beta ve Delta gibi bazılarının endişe verici varyantlar (VOC) olarak kabul edildiği birkaç SARS-CoV-2 varyantının sürekli olarak ortaya çıktığı bildirilmiştir. Diğer varyantlar, örneğin, Eta, Kappa, Lambda ve Iota gibi ilgi varyantları (VOI) olarak bilinir. Sonuç olarak, araştırmacılar, küresel bir tehdit oluşturabilecekleri için bu varyantların yaygınlığına dikkat ediyor.
SARS-CoV-2 varyantları neden orijinal türden daha zararlı?
VOC’lerin ve VOI’lerin Spike (S) proteininde çoklu mutasyonlar mevcuttur ve bu varyantların aşılama sonrası veya doğal COVID-19 enfeksiyonu sonrası ortaya çıkan nötrleştirici antikorlara (NAb’ler) dirençli olduğu bildirilmiştir.
SARS-CoV-2’nin S proteininin reseptör bağlama alanı (RBD) immünodominant olduğundan, bu bölgedeki bir mutasyon bağışıklıktan kaçmaya neden olur. Ayrıca, N-terminal alanındaki (NTD) mutasyonlar, virüslerin nötralizasyondan kaçmasına yardımcı olur. Bu nedenle, bugüne kadar çeşitli düzenleyici kurumlardan acil kullanım izni (EUA) alan tüm aşılar spike proteinine yöneliktir.
Tüm mutasyonların aşı etkinliği üzerinde olumsuz bir etkisi var mı?
Hayır, tüm mutasyonlar aşının neden olduğu bağışıklık tepkilerinin etkinliğini bozmaz. Örneğin, önceki araştırmalar, HV69-70’in silinmesinin, nötralize edici antikorların duyarlılığı üzerinde herhangi bir etkisi olmadığını, ancak viral enfektiviteyi arttırdığını göstermiştir.
Benzer şekilde, Beta varyantındaki LAL242-244’ün silinmesi, aşının neden olduğu nötralizasyona duyarlılığı etkilemez. Bununla birlikte, NTD’yi hedefleyen nötralize edici antikorlara karşı çok az direnç göstermiştir.
Dolayısıyla bu çalışmalar, tüm mutasyonların aşıların etkinliği üzerinde mutlaka olumsuz etkilerinin olmadığını ortaya koymaktadır.
Lambda varyantı
Lambda varyantı, 14 Haziran 2021’de DSÖ tarafından yeni bir VOI olarak belirlenen C.37 soyuna aittir. Bu varyant ağırlıklı olarak Şili, Peru, Arjantin ve Ekvador’u içeren Güney Amerika ülkelerinde yayılıyor. Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) veri tabanına göre, Lambda varyantı dünya çapında 26 ülkede rapor edilmiştir.
Şili’de aşılama oranı oldukça yüksek. Şili’de yakın zamanda yapılan bir araştırma, nüfusun yaklaşık %60’ının en az bir doz COVID-19 aşısı aldığını göstermiştir. Son zamanlarda, 2021 baharında, Şili’de COVID-19 vakalarında hızlı bir artış gözlemlendi. Bunun nedeni, Lambda varyantının aşılama yoluyla indüklenen bağışıklık tepkilerinden kaçabilmesidir.
Lambda varyantının evrimsel özelliği
BioRxiv * ön baskı sunucusunda yayınlanan yeni bir çalışma, Lambda varyantının evrimsel özelliğini incelemek için moleküler filogenetik analizi kullandı.
Bu çalışmada, araştırmacılar, Lambda S proteininin NTD’sine RSYLTPGD246-253N mutasyonunun eklenmesinin, artan virülans ile ilişkili olduğunu ortaya çıkarmışlardır. Bu mutasyon, Lambda varyantının Güney Amerika ülkelerinde hızla yayılmasından sorumludur.
Bu çalışmanın yazarları, Lambda varyantının kritik virolojik özelliklerinden ikisini, yani, a) RSYLTPGD246-253N, L452Q ve F490S mutasyonları nedeniyle viral kaynaklı bağışıklık tepkilerine direnç ve b) bulaşma oranındaki T76I ve L452Q mutasyonları nedeniyle artışı belirtmişlerdir.
Bu çalışma, Lambda S’nin Lambda + N246-253RSYLTPGD S türevine kıyasla aşı kaynaklı antiserumlara karşı daha dirençli olduğunu ortaya koydu.
Bunun bir diğer önemli yönü, RSYLTPGD246-253N mutasyonunun, NTD ‘süpersite’ nin bir bileşeni ile örtüşmesi, bunun immünodominant bölge olduğunu gösterir. Bu nedenle, bu alanın mutasyonu, Lambda varyantının COVID-19 aşısının ortaya çıkardığı bağışıklık tepkilerinden kaçmasını sağlamıştır.
Ebeveyn D614G S suşu ve Lambda varyantı arasındaki karşılaştırmalı çalışma, ikinci viral suşta önemli ölçüde daha yüksek enfektivite göstermiştir.
Bu çalışmanın bulguları, Lambda, Delta ve Epsilon varyantlarının daha yüksek enfektivitesinin L452Q/R mutasyonundan kaynaklandığını ortaya koyan önceki çalışmalarla uyumludur. Bilim adamları, yalnızca artan viral enfektivitenin büyük ölçekli bir enfeksiyona atfedilmediğini açıkladı. Epsilon varyantı için böyle bir örnek gözlendi, burada yüksek enfektiviteye sahip olduktan sonra bile insan popülasyonunda yayılmadı. Bu nedenle DSÖ, 6 Temmuz 2021’de onu VOC / VOI sınıflandırmasından çıkarmıştır. Bir varyantın çok sayıda insanı enfekte edip etmeyeceğini anlamak için varyantın iki karakteristik virolojik özelliğinin, yani artan viral enfektivitenin ve bağışıklık tepkisinden kaçınmanın belirlenmesi esastır. Bu çalışma, Lambda varyantının bu virolojik özelliklerin her ikisine de sahip olduğunu ortaya koydu.
Bu çalışmanın önemi
Bu çalışma, moleküler filogenetik analizler ve virolojik deneyler kullanarak Lambda varyantının evrimsel eğilimini aydınlatmıştır. Lambda varyantı VOI olarak sınıflandırılmış olsa da, bu çalışmanın yazarları bu varyantın gelecekte bir salgına neden olma potansiyelini vurguladılar.
Önemli Uyarı; BioRxiv, hakemli olmayan ve bu nedenle kesin olarak kabul edilmemesi, klinik uygulamaya / sağlıkla ilgili davranışlara rehberlik etmemesi veya yerleşik bilgi olarak ele alınmaması gereken ön bilimsel raporlar yayınlar.
Kaynak
SARS-CoV-2 Lambda variant exhibits higher infectivity and immune resistance, Izumi Kimura, Yusuke Kosugi, Jiaqi Wu, Daichi Yamasoba, Erika P Butlertanaka, Yuri L Tanaka, Yafei Liu, Kotaro Shirakawa, Yasuhiro Kazuma, Ryosuke Nomura, Yoshihito Horisawa, Kenzo Tokunaga, Akifumi Takaori-Kondo, Hisashi Arase, The Genotype to Phenotype Japan (G2P-Japan) Consortium, Akatsuki Saito, So Nakagawa, Kei Sato, bioRxiv, 2021.07.28.454085; doi: https://doi.org/10.1101/2021.07.28.454085, https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.07.28.454085v1
